當山稱為多寶富士大日蓮華山大石寺，正應三年（1290）十月，由宗祖日蓮大聖人之法嫡 第二祖白蓮阿闍梨日興上人所開創。大石寺的寺號是由大石之原的地名而來。開基檀那則是當地的地頭 南条七郎次郎時光。

        日興上人是於弘安五年（1282）接受大聖人一切的付囑，大聖人入滅之後，就任身延山久遠寺之別當職（住持）。

　    但是數年之後，身延地頭波木井實長受到民部阿闍梨日向的唆使，漸漸犯下謗法的行為。為師的日興上人雖然再三諫諭，但波木井實長完全不改其謗法。

　    因此日興上人依照大聖人預先交代的「地頭不法時我亦不住」之遺言，最後決心捧持著宗旨之根本的本門戒壇之大御本尊、大聖人之骨灰等一切重寶，於正應二年（1290）春，離開身延之山。接著，應大聖人在世時的強信者 南条時光的邀請，遷往富士。於隔年的正應三年（1291）建立大石寺，安置本門戒壇之大御本尊，並培養眾多的弟子，構築宗門萬代的基礎。

　    自此之後，由日興上人至三祖日目上人，由日目上人至第四世日道上人，如一器之水注入一器地血脈相承，法燈連綿至現在的第六十八世日如上人。

　    日蓮正宗總本山大石寺，才是唯一將宗祖日蓮大聖人之教義正確傳承至今，真正救濟世界民眾的根本道場。